Durante más de 50 años, la biodiversidad de esponjas de agua dulce en los cenotes de Yucatán ha estado poco estudiada, con información científica muy limitada desde 1936 y 1968. Este estudio eeporta por primera vez la presencia de Ephydatia fluviatilis en los cenotes Sabak-Ha y Suhem, ampliando el conocimiento de su distribución en la región. Se realizó una caracterización morfológica detallada de las espículas, destacando la presencia de gemuloescleras birótulas con espinas densas, rasgo consistente con la especie a nivel global. Además, mediante análisis moleculares (ITS y genes ribosomales 18S y 28S), se confirmó la identidad de la especie, mostrando una alta similitud (<3% de divergencia) con secuencias registradas en GenBank. Este hallazgo incrementa la diversidad conocida de esponjas en cenotes de Yucatán, donde previamente solo se habían reportado dos especies (Spongilla cenota y Radiospongilla crateriformis). Finalmente, el estudio destaca la importancia de combinar datos morfológicos y moleculares y establece una base clave para futuras investigaciones en estos ecosistemas kársticos únicos.