El Instituto de Ecología, ubicado en Mérida, Yucatán, es una extensión de la UNAM en la península. Se enfoca en la investigación y conservación de los ecosistemas, especialmente en la región del sureste mexicano. Este instituto promueve el estudio de la biodiversidad, los procesos ecológicos y el impacto de las actividades humanas en el medio ambiente, con el objetivo de generar soluciones sostenibles.

En sus instalaciones, el Instituto de Ecología lleva a cabo investigaciones multidisciplinarias en áreas como la ecología de selvas, zonas costeras y cenotes. Además, fomenta la colaboración científica tanto a nivel local como internacional para abordar problemáticas ambientales importantes.