La Unidad Mérida del Instituto de Química tiene los objetivos de posicionar al IQ-Mérida como sede y líder de desarrollo tecnológico y de investigación en Química, generando nuevos esquemas de colaboración para alcanzar una proyección nacional e internacional en campos emergentes, formando al mismo tiempo estudiantes con sólidos conocimientos y alto grado de especialización; así como impulsar el desarrollo de proyectos de investigación, y nuevas tecnologías de servicio en el ámbito de la Química, a través del desarrollo de nuevas metodologías y la formación de recursos humanos especializados.

Su Misión es aportar conocimiento de frontera en Química, aplicar la ciencia básica a la resolución de problemas ambientales y de salud, mediante el análisis de compuestos químicos y su interacción con sistemas biológicos, empleando metodologías de la ciencia de datos y la química computacional y unir esfuerzos y establecer vínculos entre la comunidad científica y empresas (por ejemplo, agroquímicas y farmacéuticas), mediante el establecimiento de redes de cooperación entre los sectores público y privado.